Il faut distinguer le projet (PEL) et le contrat (CEL) ainsi que le rôle des instances de pilotage. Si certaines missions se déclinent à chaque niveau du pilotage (diagnostics, regroupement de moyens, évaluation), dans l’ensemble, le département pilote le contrat, le GPL pilote le projet. Au fil du temps, certaines modifications sont apportées : par exemple, à la création des CEL, le coordonnateur est désigné par les signataires du CEL, mais l’instruction du MEN du 29 octobre 2003 indique que le GPL recrute les coordonnateurs…