Historiquement, une indemnité exceptionnelle a été instituée en 1997 pour corriger la perte de rémunération due à l’instauration de la cotisation de contribution sociale généralisée (CSG). La CSG s’appliquant sur une base déplafonnée liée à toutes les rémunérations perçues remplaçait une cotisation de Sécurité sociale basée sur le seul traitement de base, plafonnée.
Un différentiel de cotisations était alors généralisé. L’indemnité visait à combler ce différentiel.
Le texte de 1997 indiquait que : « l’indemnité exceptionnelle est servie lorsque la rémunération annuelle perçue au titre de l’activité principale au cours de l’année courante, nette de cotisation maladie et de contribution sociale généralisée aux taux appliqués au 1er janvier 1998, est inférieure à cette même rémunération annuelle affectée des taux de cotisation maladie et de contribution sociale généralisée appliqués au 31 décembre 1996 ».
Cette indemnité a été supprimée depuis le 1er mai 2015 et a été remplacée par une indemnité dégressive versée mensuellement.