L’endettement hospitalier, qui représente désormais 1,4 % du PIB, soit 29,3 milliards d’euros, pourrait mettre les hôpitaux « dans l’incapacité de financer à l’avenir leurs investissements courants », souligne la Cour dans ce rapport mis en ligne. Elle évoque entre autres des « tensions de trésorerie récurrentes » dans certains hôpitaux en 2011 et 2012. Les financements à court terme sont « plus difficiles à mobiliser », en raison des « réticences des banques à accorder des crédits à court terme au secteur hospitalier ». Selon les Sages, les hôpitaux ont été nombreux à souscrire des emprunts dits « structurés » (à taux variable), dont certains se sont avérés toxiques et leur exposition à ces emprunts est « aussi dangereuse que celle des collectivités locales ».
Pour la Cour des comptes, la progression « spectaculaire de la dette » trouve son origine dans une politique de soutien à l’investissement qui a privilégié l’endettement. Les gestionnaires hospitaliers ont fait preuve d’une vision « exagérément optimiste de l’accroissement de l’activité ». Cependant, après des années d’augmentation annuelle de la dette supérieure à 15 %, un début de ralentissement est observé depuis 2010 et son taux de progression est revenu à 6 % en 2012. Ce ralentissement doit être « consolidé », selon la Cour, qui suggère de mettre en place dans les établissements de santé un « plan prévisionnel de trésorerie sur six mois glissants ». Parmi ses autres recommandations : obliger les directeurs à présenter annuellement au conseil de surveillance une stratégie de gestion de la dette, avant transmission à l’agence régionale de santé pour approbation.