Incidence des congés maladie sur le régime indemnitaire

La rémunération des fonctionnaires comprend le traitement, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement ainsi que les primes et indemnités accessoires.

L’article 57 (alinéas 2, 3, 4, 5) de la loi du 26 janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale stipule le maintien du traitement indiciaire, du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence en faveur des fonctionnaires territoriaux pendant leurs congés de maladie, de longue maladie, de longue durée et de maternité. Cet article ne précise pas le sort du égime indemnitaire qui ne fait pas parti du traitement mais de la rémunération de l’agent public (article 20 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires). Le juge administratif considère alors que la liste étant limitative, le fonctionnaire ne peut alors prétendre à la conservation de son régime indemnitaire pendant les périodes de toutes natures (CE n° 221334 du 10 janvier 2003 ministre de l’Intérieur c/ M. X).

Une collectivité territoriale peut moduler l’attribution des primes en fonction de critères qu’elle a préalablement définis dont le présentéisme de l’agent à la condition de ne pas dépasser les dotations indemnitaires du corps de référence de l’État. Ainsi si une collectivité souhaite organiser un maintien des primes pendant les congés de maladie, elle doit le prévoir expressément dans une délibération.

En outre, la nature de la prime définira le maintien ou non de cette rémunération. Une prime considérée comme liée à l’exercice effectif des fonctions devrait être nécessairement suspendue pendant les congés alors que d’autres textes indemnitaires prévoient expressément la suppression de la prime en cas de maladie (prime de responsabilité des emplois administratifs de direction, prime de service et indemnité de sujétions spéciales du secteur médico-social, prime de police…).

Les collectivités étant liées à la fonction publique d’État par le principe de parité (« l’assemblée délibérante de chaque collectivité ou le conseil d’administration d’un établissement public local fixe, par ailleurs, les régimes indemnitaires dans la limite de ceux dont bénéficient les différents services de l’État »), elles ne peuvent maintenir un système de prime plus favorable que celui des fonctionnaires d’État.

En vertu de l’application de ce principe, les collectivités devraient se mettre en conformité avec les dispositions du décret n° 2010-997 du 26 août 2010. Celui-ci stipule que le régime indemnitaire « est maintenu dans les mêmes proportions que le traitement » pour les congés annuels, de maladies ordinaires et maternités (article 1^er-I-1°).

Un agent en demi-traitement « statutaire » aura donc son régime indemnitaire réduit de moitié dans ces cas de congés (soit à partir du 4^e mois pour les congés de maladie ordinaire). En  revanche, en congé de longue maladie ou de longue durée et compte tenu de la rédaction du  texte, il n’est pas possible de maintenir du régime indemnitaire. Cependant, ce même agent conserve le bénéfice du maintien ou du demi-régime indemnitaire qu’il a pu percevoir pendant le congé de maladie ordinaire préalablement à sa mise en congé de longue maladie ou longue durée.
Enfin en cas de congés annuels, de congé maternité, paternité et d’adoption, le régime indemnitaire est maintenu intégralement.

Par conséquent, bien que ce décret concerne la fonction publique d’État, les organes délibérants compétents pour fixer les conditions d’attribution des primes doivent en tenir compte et le système local de maintien des primes pendant les congés ne pourra être plus favorable que celui des fonctionnaires d’État. Dans tous les cas, une collectivité qui souhaite maintenir du régime indemnitaire doit délibérer pour prévoir au moins le maintien du demi-régime indemnitaire lors d’un congé de maladie ordinaire, sinon c’est la suppression pure et simple en l’absence de dispositions dans la loi du 26 janvier 1984.

Textes de référence :

Loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale – articles 57 et  88

Décret n°  91-875 du 6 septembre 1991 pris pour l’application du premier alinéa de l’article 88 de la loi du 26  janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale

Décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l’État et des magistrats de l’ordre judiciaire dans certaines situations de congés